مولدر و اسکولی ، که اکنون پرونده های X FBI را از بین بردند ، باید راهی برای مبارزه با عناصر سایه دار دولت پیدا کنند تا حقیقت را در مورد توطئه ای پیدا کنند که ممکن است به معنای استعمار بیگانه زمین باشد.